Город обязан своим первоначальным названием рыбацкой деревушке Эдо (японск. – «вход в залив»). В 1457 Ота Докан, правитель области Канто, построил здесь замок Эдо. В 1590 им завладел Иэясу Токугава, основатель могущественной династии сёгунов. Хотя столицей империи оставался Киото, Эдо сделался резиденцией Токугава, а в 18 в. – одним из крупнейших и самых населенных городов мира.

После реставрации («революции») Мэйдзи император Мацухито перенес сюда свою столицу (1868), дав городу его нынешнее название -Токио – «Восточная столица». Во второй половине 19 в. здесь активно развивалась шёлковая, лаковая, фаянсовая и эмалевая промышленность, а с конца 19 в. – машиностроение и судостроение. В 1872 построена железная дорога Токио – Йокогама, а в 1877– Кобе – Осака – Токио. 1 сентября 1923 Токио пережил страшное землетрясение (7,9 балла по шкале Рихтера), которое стерло половину города с лица земли. Его жертвами стали более 90 тыс. человек. Вскоре был принят план реконструкции. Город стал подниматься из руин. Но в годы Второй мировой войны он вновь подвергся катастрофическим разрушениям. В середине 20 в. экономика страны стала стремительно возрождаться («экономическое чудо»), в 1966 вышла на второе (после американской) место в мире. В 1964 в городе успешно прошли летние Олимпийские игры. Мощный приток рабочей силы из сельских районов (1970-е) создал одну из важнейших предпосылок роста. В 80-х Токио один из самых динамично развивающихся городов мира.